Za prvé potřeba snížit limit obratu pro povinnou registraci plátců daně z přidané hodnoty. V roce 1993 se začínalo na úrovni obratu šest milionů korun, neboli 1,5 milionu za tři po sobě jdoucí měsíce. V průběhu 90. let se hladina snížila na tři miliony korun za rok, což znamená 750 000 za tři po sobě jdoucí měsíce. V novele s účinností od 1. října je navrhováno snížení limitu na dva miliony za 12 měsíců a od 1. května 2004 na jeden milion korun, tedy zhruba 35 000 eur. V EU je limit pro povinnou registraci plátců 5000 eur. Česká republika má v této oblasti vyjednanou trvalou výjimku. Další změny v oblasti daňové harmonizace se budou týkat přesunu zboží a služeb ze snížené sazby DPH do základní sazby DPH podle 6. směrnice EHS. V Evropské unii není stanovena jednotná sazba DPH. Například v Dánsku existuje pouze jediná sazba DPH 25 procent. Dochází zde však k tomu, že Dánové jezdí nakupovat potraviny do levnějších zemí, například do Německa, kde základní sazba činí pouhých 16 procent DPH. V Česku existují dvě sazby DPH, 5 a 22 procent.
Sbližování sazeb DPH by mohlo vést k nepříznivému sociálnímu dopadu na nízkopříjmové skupiny obyvatel. Z tohoto důvodu bylo vyjednáno přechodné období pro přeřazení tepla ze snížené do základní sazby do roku 2007 a přechodné období u staveb pro bydlení rovněž do téhož roku. V oblasti spotřebních daní je předmětem návrhu zákona úprava režimu podmíněného osvobození od daně, který je používán při výrobě, zpracování, skladování a přepravě výrobků podmíněně osvobozených od spotřební daně. Další změnou bude zavedení zcela nového systému takzvaných daňových skladů. Nový návrh zákona o spotřební dani s účinností od 1. ledna 2004 předpokládá, že celou správu spotřební daně převezme celní správa.
Na celním ředitelství bude podnikatelům umožněno požádat o vydání povolení na provozování daňového skladu a ten, kdo povolení obdrží, pak může vyskladnit zboží ve prospěch osoby rovněž vybavené tímto povolením, přičemž se toto zboží bude pohybovat v cenách bez daně. Daňová povinnost vyplyne až pro provozovatele, který takovéto povolení nevlastní. Změny v legislativě se dotknou rovněž zákona o účetnictví. Od 1. ledna 2004 bude v České republice platit novela tohoto zákona, která zruší jednoduché účetnictví. Podvojné účetnictví povedou právnické osoby a z fyzických osob ty, které jsou plátci DPH a mají obrat nejméně tři miliony korun za rok. Fyzické osoby, které nespadají do kategorie pro vedení podvojného účetnictví, povedou pouze takzvanou daňovou evidenci.
