První má za cíl zvýšení efektivity zemědělské výroby, podporu farmářů a ochranu přírody a krajiny. Zaměřuje se i na pomoc začínajícím farmářům, investice do venkovské dopravy, škol, zdravotnictví, rozvoj a využití lesů. Druhý zmiňovaný fond se soustřeďuje na podporu oblastí závislých na rybolovu. Z obou fondů budou v ČR podporovány výhradně projekty předložené v rámci Operačního programu Rozvoj venkova a multifunkční zemědělství (OP RVMZ).
Hlavním cílem programu je podpora zemědělské prvovýroby a zpracování produktů, podpora lesního a vodního hospodářství, také například posílení zaměstnanosti, vyjasnění a nové uspořádání vlastnických vztahů k půdě. Proto v rámci OP RVMZ budou podporovány projekty zaměřené na investice do zemědělského majetku, zavádění výrobních metod šetrných k životnímu prostředí, vhodných způsobů chovů a hygieny hospodářských zvířat, výroba a prodej regionálních zemědělských produktů, prohlubování odborné kvalifikace zemědělců, pracovníků lesního a vodního hospodářství a tak dále.
Své místo si v rámci OP RVMZ najdou i projekty zaměřené na rozvoj agroturistiky a geodetické práce pro vytvoření návrhu pozemkových úprav. Dále bude možné předkládat projekty určené na obnovení vodních děl poškozených povodněmi, obnovu lesa, rekonstrukci poškozených lesních porostů, nákup strojů na údržbu a opravy lesních cest. Na pokrytí nákladů na projekty předložené v rámci tohoto operačního programu je určeno přibližně 12 procent všech finančních prostředků, které Česká republika získá ze strukturálních fondů. Výše podpory z prostředků EU může u některých projektů předložených v rámci OP RVMZ dosáhnout až 80 procent z celkových přijatelných nákladů.
