Její zavedení je v kompetenci zaměstnavatele a stanovení se může týkat všech zaměstnanců a úseků nebo jen některých. V takovém případě si zaměstnanec sám volí začátek, případně i konec pracovní doby v jednotlivých dnech v rámci časových úseků stanovených zaměstnavatelem. Mezi dva úseky této volitelné pracovní doby musí být vložena pevná doba, v níž je zaměstnanec povinen být na pracovišti. Tato doba musí při čtyřicetihodinové týdenní pracovní době činit v jednotlivých dnech minimálně pět hodin, volitelná část pracovní doby minimálně jednu hodinu denně.
V případě, že je sjednána kratší týdenní pracovní doba než 40 hodin nebo je pracovní doba zaměstnanci zkrácena na jeho žádost a nebo jeho týdenní pracovní doba není rozložena na pět dnů v týdnu, se délka volitelných částí pracovní doby a základní doby stanoví poměrně k týdenní pracovní době.
Zákon umožňuje upravit celkem tři druhy pružné pracovní doby: na jeden den, na týden, nebo na dobu čtyř týdnů. Pružná pracovní doba není z praktických důvodů uplatňována, když je zaměstnanec vyslán například na služební cestu. V případě pružné pracovní doby jsou odlišně od té klasické posuzovány podle zákoníku práce případy, kdy zaměstnanec nemůže pracovat, protože jde k lékaři, nebo se třeba žení. Rovněž se liší posuzování práce vykonávané přesčas. Detailní úprava těchto situací je obsažena v zákoníku práce a prováděcích předpisech a jejich řešení není jednoduchou záležitostí.
Možnost pružné pracovní doby rozhodně klade větší nároky na vedení evidence pracovní doby a její podmínky je nutné pečlivě a srozumitelně stanovit. Další formou, jak získat výhodu z úpravy pracovní doby, je možnost sjednat zkrácení pracovní doby bez snížení mzdy nebo možnost zkrácení pracovní doby ze zdravotních nebo jiných vážných důvodů s odpovídajícím snížením mzdy.
