Je nutné mít neustále na paměti, že strukturální fondy nejsou určeny k řešení problémů špatných firem, ale že mají za úkol pomáhat hlavně fungujícím firmám přizpůsobit se náročnějším podmínkám jednotného trhu EU. Nedílnou součástí většiny žádostí je i požadavek na předložení daňových přiznání a účetní uzávěrky včetně rozvahy, výkazu zisku a ztrát, přehledu o peněžních tocích a tak dále. Dále by si měl žadatel důkladně prostudovat výzvu k předkládání projektu, neboť při zpracování projektů je nezbytné dodržet všechny formální náležitosti. Při přípravě projektu je nutné mít ujasněnou koncepci projektu (tzn. jasně a zřetelně specifikovat cíle projektu, jeho přínosy, podrobný časový plán aktivit a také rozpočet) a dokázat ji jasně a srozumitelně formulovat při vyplňování žádosti.
Důležitou součástí příprav na zpracování projektu je i posouzení časového hlediska (na přípravu je někdy nutná až roční doba), do kdy je možné projekt kvalitně zpracovat. Je nutné si uvědomit, že k žádosti se musí ve většině případů předložit i odborná dokumentace, například stanovisko Ministerstva životního prostředí na zpracování EIA (posouzení dopadu projektu na životní prostředí). Také vyřízení např. stavebního povolení není jednoduchou a rychlou záležitostí. Vlastní zpracování projektu je velmi náročná a odborná práce, kterou nemůže zvládnout jediný člověk. Proto by se na zpracování projektu měl podílet tým několika odborníků. Je potřeba specialista z technické oblasti, samozřejmě také pracovník, který zpracuje marketingovou a ekonomickou analýzu a v neposlední řadě také odborník na zpracování EIA, který vytvoří dokumentaci pro žádost na MŽP.
