Pro finanční plán unie na léta 2000-2006 byly pro regionální politiku stanoveny tři cíle. První z nich chce podpořit rozvoj nejvíce zaostávajících regionů. To znamená těch, jejichž hrubý domácí produkt (HDP) je menší než 75 procent průměru EU. Do tohoto cíle spadají všechny regiony České republiky kromě Prahy. Druhý cíl regionální politiky je zaměřen na podporu strukturálně postižených regionů, tedy například průmyslových a těžebních oblastí či přelidněných městských aglomerací, které nemají nárok na podporu v rámci cíle jedna.
Cíl tři je určen na podporu rozvoje lidských zdrojů, například modernizaci vzdělávání a boj se sociální diskriminací. Pro naplňování těchto cílů existují v unii čtyři strukturální fondy a Fond soudržnosti. Pro čerpání prostředků z těchto fondů musí každý členský i přistupující stát připravit programové dokumenty. Právě o nich nyní Evropská komise s Českou republikou jedná. Česká republika má v současné době pro všechny regiony spadající pod cíl jedna (všechny regiony kromě Prahy) připraveny čtyři oborové operační programy pro čerpání podpory ze strukturálních fondů. Tyto programy se týkají následujících oblastí: průmyslu a podnikání, rozvoje lidských zdrojů, rozvoje venkova a multifunkčního zemědělství a infrastruktury.
Kromě nich je připraven ještě takzvaný Společný regionální operační program. Pro Prahu jako jediný region s vyšším HDP než 75 procent průměru EU jsou připraveny takzvané Jednotné programové dokumenty pro cíl dva a cíl tři. Aby Česká republika mohla plně využívat možností podpory ze strukturálních fondů, potřebuje nejen výše zmíněné programové dokumenty, ale také dostatek vlastních finančních prostředků pro spolufinancování projektů. Předkládané projekty budou navíc muset splnit vysoké nároky na kvalitu jak obsahovou, tak formální.
