V České republice se tato směrnice dotýká přibližně 1000 podniků. Zavedení požadavků IPPC může být předem splněno uplatňováním zásad dobrovolných manažerských systémů EMAS a ISO 14001. Vyšší dobrovolný stupeň ekologizace výroby upravuje nařízení č. 1836/93 ES o ekologickém auditu firmy EMAS. Posuzování vlivů na životní prostředí (EIA) bylo sladěno s ES zákonem č. 100/2001 Sb. Tato právní úprava je významným nástrojem prevence znečišťování a havárií, neboť všechny projekty a podnikatelské záměry musí být ještě před realizací posouzeny z hlediska dopadu na životní prostředí. Vzhledem k obtížnosti převzetí všech závazků vyplývajících z právních předpisů ES požádala Česká republika o několik přechodných období.
První se vztahuje na zavedení směrnice 94/62/EC o obalech a obalových odpadech. V tomto případě musí být dosaženo cílových hodnot u recyklace a opětovného využití obalů až od 1. ledna 2006. Druhý případ se týká směrnice 91/271/EEC o městských odpadních vodách, kde bylo České republice povoleno přechodné období až do 31. prosince 2010 pro praktické zavedení požadavku výstavby čistíren odpadních vod u obcí kategorie 2-10 tisíc obyvatel. Poslední přechodné období bylo poskytnuto na uplatnění směrnice 2001/80/EC o omezení emisí znečišťujících látek do ovzduší z velkých spalovacích zařízení. Tato výjimka má platnost pouze pro dva podniky, teplárnu Přerov a Novou Huť, a. s. Více informací o problematice životního prostředí můžete nalézt na http://europa.eu.int/comm/environment/index_en.htm, www.env.cz, www.cebre.cz, www.ceu.cz/EMAS.
